Đối kháng vi sinh vật là phương pháp sử dụng các mẫu vi sinh vật đã được nuôi cấy để ngăn chặn sự xâm nhập của các chủng ngoại lai. Khi được đưa vào một môi trường đã có thuộc địa, một chủng vi khuẩn xâm lấn có xu hướng không phát triển và có thể biến mất hoàn toàn tuyệt chủng.
Một ví dụ về sự đối kháng của vi sinh vật trong cơ thể người là sự đề kháng của vi khuẩn miệng đã được thiết lập đối với các chủng mới có thể được đưa vào qua tiếp xúc miệng-miệng. Ví dụ, sau một nụ hôn, vi khuẩn mới được đưa vào môi trường thù địch của miệng lạ. Khi ở đó, sự phát triển của vi khuẩn xâm nhập bị ức chế bởi các hợp chất kháng khuẩn do hệ thực vật bản địa tiết ra, cũng như sự cạnh tranh chặt chẽ về nguồn tài nguyên.
