Màu mắt của bố và mẹ quyết định một phần màu mắt của trẻ, BabyMed giải thích. Tuy nhiên, nhiều gen kết hợp với nhau để ảnh hưởng đến màu mắt, vì vậy không có quy tắc đơn giản nào để di truyền.
Màu mắt là một đặc điểm đa gen; điều này có nghĩa là nhiều gen làm việc cùng nhau để ảnh hưởng đến nó. Theo BabyMed, di truyền thực tế của màu mắt của cha mẹ đóng một vai trò quan trọng. Ví dụ, nếu cả bố và mẹ đều đồng hợp tử về mắt nâu, nghĩa là mỗi người đều có hai bản sao của gen mắt nâu, thì họ có thể mong đợi những đứa con mắt nâu. Nhưng nếu bố mẹ có màu mắt dị hợp tử, nghĩa là mỗi người đều có gen nâu và xanh lam, thì họ có thể mong đợi một số con có mắt xanh.
Màu mắt cũng phụ thuộc vào tỷ lệ và số lượng các loại melanin tích tụ trên mắt. Eumelanin là một sắc tố màu nâu sẫm, và pheomelanin có màu nâu đỏ, và cách thức chúng xuất hiện trong mống mắt quyết định màu mắt. Điều này có nghĩa là nếu việc sản xuất và phân tán sắc tố không hoạt động bình thường ở một cá nhân, thì người đó có thể có gen cho mắt nâu nhưng về mặt thể chất lại có mắt xanh. Theo báo cáo của John H. McDonald thuộc Đại học Delaware, điều này giải thích cho các trường hợp cha mẹ có hai mắt xanh sinh con với mắt xanh lục, nâu hạt dẻ hoặc nâu.
