Sông Nile, một trong những hệ thống sông dài nhất trên thế giới, bắt đầu bằng sáu vết đục thủy tinh thể chảy vào một đoạn sông-thung lũng hẹp, sau đó lan ra đồng bằng sông Nile đầm lầy gần Biển Địa Trung Hải. > Có tới 90 phần trăm người Ai Cập sống trong Thung lũng sông Nile màu mỡ, hẹp.
Sông Nile Xanh và Nile Trắng hợp lưu ở trung tâm Sudan tại Khartoum để tạo thành đầu nguồn của sông Nile. Ở hạ lưu, sông Nile đi vào một loạt sáu vết đục thủy tinh thể không thể điều hướng được, hay còn gọi là thác ghềnh. Phần phía bắc giữa đục thủy tinh thể thứ nhất và thứ hai là Lower Nubia, và giữa đục thủy tinh thể thứ hai và thứ sáu là Upper Nubia. Nằm ở hạ lưu từ lần đục thủy tinh thể đầu tiên, sông Nile hiện đại bị đập chậm lại bởi đập Aswan, nhưng trong thời cổ đại, nước lũ hàng năm đã tạo ra một thung lũng dài hẹp ở Sahara, chia cắt các sa mạc của Ai Cập thành Sa mạc phía Đông và Sa mạc Libya. Các vùng nước sâu, có thể điều hướng được của sông Nile chảy về phía bắc vào Hạ Ai Cập, nơi tại Cairo, sông Nile trở thành một vùng đồng bằng rộng lớn, đầm lầy.
Nước lũ mùa xuân lớn từ khắp miền trung Ai Cập làm ngập dòng sông với phù sa hàng năm, và qua hàng thiên niên kỷ, những phù sa này đã được bồi tụ dọc theo bờ sông để tạo ra thung lũng sông màu mỡ. Nếu không có sự giàu có của bùn mà con sông mang đến Ai Cập mỗi năm, một nền văn minh không bao giờ có thể mọc lên. Vì lý do này, nhà sử học Herodotus gọi Ai Cập là "Món quà của sông Nile".
