Sông Nile có độ sâu trung bình từ 26 đến 36 feet. Nó có thể thay đổi đáng kể trong thời gian lũ lụt. Vào thời cổ đại, nước sông Nile dâng cao và làm ngập các đồng bằng xung quanh. Việc xây dựng đập Aswan đã phần lớn chấm dứt tình trạng ngập lụt tự nhiên này.
Lũ lụt của sông Nile rất quan trọng đối với nền nông nghiệp của Ai Cập cổ đại. Các thầy tu của Ai Cập cổ đại đã đo mực nước sông Nile để dự đoán lũ lụt. Trong khi lũ trung bình làm mực nước sông dâng cao khoảng 6 feet rưỡi, lũ lụt nghiêm trọng đã làm mực nước dâng cao 39 feet. Lũ lụt của sông Nile tiếp tục diễn ra vào thế kỷ 19, với mực nước dâng cao 26,5 foot được ghi nhận vào năm 1885.
