Sông Nile và các hồ lân cận là nơi sinh sống của hơn 100 loài cá, bao gồm cá rô, cá da trơn và cá rô phi. Cá rô phi và cá rô phi là loại cá thực phẩm phổ biến với chu kỳ sinh sản nhanh. Cá da trơn sông Nile sống ở đáy sông và cũng có thể ăn được, nhưng chúng không được ưa chuộng trong nhiều nền văn hóa vì chúng ăn cá chết và các vật chất khác chìm xuống đáy sông.
Cá rô sông Nile là loài săn mồi hung hãn. Mẫu vật trưởng thành có màu bạc với một sọc xanh mỏng ở cả hai mặt. Chúng thường dài hơn 5 feet và nặng hơn 300 pound. Những con cá hung dữ này rất phổ biến đối với những người câu cá thể thao và là một thành phần quan trọng của ngành du lịch trong và xung quanh lưu vực sông Nile.
Cá bạc má cũng có nhiều trong hệ sinh thái của sông Nile. Những con cá vây tia này sống ở Hồ Victoria, một trong những nguồn lớn nhất và quan trọng nhất của sông Nile. Chim Síp sống về đêm và bị thu hút bởi những mồi phát quang, đặc biệt là vào những đêm nhiều mây hoặc không có trăng. Những con cá này là một trong những nguồn cung cấp protein quan trọng nhất cho con người ở Uganda, Tanzania và Kenya.
Nhiều loài động vật khác cũng sống ở sông Nile và dọc theo bờ biển của nó. Chúng bao gồm hà mã và tê giác. Hà mã đặc biệt đáng sợ vì tính hung dữ cực độ đối với con người, tốc độ chạy đáng kinh ngạc và bộ hàm vô cùng mạnh mẽ.
