Mặc dù bản thân đá vôi không ảnh hưởng đến môi trường, nhưng việc khai thác đá vôi có thể có tác động tiêu cực. Mặt khác, môi trường có thể ảnh hưởng đến đá vôi bằng cách phá vỡ đá vôi.
Khai thác đá vôi có thể gây ô nhiễm nước và tạo ra các hố sụt. Khi đá vôi tan trong đất, các hang động và mòng biển hình thành, một hiện tượng tự nhiên được gọi là karst. Mặc dù điều này không làm tổn hại đến môi trường ở dạng tự nhiên, nhưng một khi đá vôi được khai thác, các hố sụt có thể hình thành và phá vỡ các mạch nước ngầm. Điều này làm thay đổi mực nước ngầm tự nhiên. Quá trình khai thác thực tế cũng làm thay đổi các tuyến đường thủy hiện có, thêm nước vào các dòng suối và các vùng nước khác không chỉ gây ngập lụt khu vực xung quanh mà còn thêm các chất ô nhiễm vào đó. Đồng thời, nó hút nước từ các đối tượng địa lý khác như hồ và ao.
Đá vôi có thể bị phá hủy bởi môi trường do thời tiết và sự xói mòn của nước. Đá hấp thụ nước có thể làm cho đá xấu đi theo thời gian. Nếu nước có hàm lượng axit cao, thiệt hại xảy ra ngay lập tức. Gió có thể làm mòn các chi tiết đá. Đá vôi cũng dễ bị đổi màu khi tiếp xúc với dầu, thuốc nhuộm hoặc thậm chí vật chất hữu cơ, chẳng hạn như phân chim hoặc xác thực vật phân hủy. Nó thậm chí có thể bị gỉ sét nếu tiếp xúc với sắt oxy hóa.
