Chuyến thám hiểm của Tây Ban Nha mà Balboa tham gia đến Nam Mỹ bao gồm hai con tàu, Santa Maria và San Anton. Balboa đã thực hiện những chuyến thám hiểm khác, nhưng tên của các con tàu là không chắc chắn.
Đoàn thám hiểm Tây Ban Nha Balboa tham gia vào năm 1501 đã thu thập kho báu, nhưng hai con tàu đã bị đánh chìm vào năm 1503 do những hư hại trước đó do giun teredo gây ra. Các con tàu bị hư hỏng quá nặng và không thể sống sót sau cơn bão nên đã bị chìm, một phần kho báu mà họ gom góp được cũng bị mất. Trong một chuyến thám hiểm sau đó, Balboa đã chèo thuyền trên chiếc thuyền mang tên Rolling Wind, nhưng không chắc chắn về năm của chuyến thám hiểm đó.
