Nước nhà vệ sinh chứa một lượng đáng kể vi khuẩn. Một trong những loại vi khuẩn phổ biến nhất, C. difficile, gây ra một lượng đáng kể tiêu chảy, nôn mửa và phun ra chất cao bằng chân phía trên bệ ngồi nhà vệ sinh khi mọi người xả nước trong khi nắp đang mở, theo Prevention.
Không nhất thiết phải sử dụng nhà vệ sinh để vi khuẩn có mặt. Các nhà khoa học từ Đại học Leeds đã tìm thấy vi khuẩn trên đầu và thành bên của bồn cầu và sàn nhà, ngay cả khi không có ai xả nước trong một thời gian. Mức vi khuẩn ở mức cao nhất ngay sau khi xả nước, nhưng các giọt ô nhiễm sẽ xuất hiện trên các bề mặt gần đó, thậm chí một giờ hoặc lâu hơn sau lần xả cuối cùng đó. Đóng nắp là một cách tuyệt vời để kiểm soát sự lây lan của vi khuẩn này.