Hầu hết các khuẩn lạc vi khuẩn được nuôi cấy trong các đĩa môi trường nuôi cấy thường có màu trắng, kem hoặc vàng và tương đối tròn. Tuy nhiên, một số khuẩn lạc có thể biểu hiện những đặc điểm không bình thường. Các khuẩn lạc nấm, chẳng hạn như nấm mốc hoặc nấm gây ra bệnh nấm da chân, thường lớn, mờ và trở thành màu khác khi chúng phát triển ra ngoài từ trung tâm của chúng.
Các đặc điểm cụ thể của một thuộc địa được gọi là hình thái của thuộc địa, hỗ trợ cho việc xác định loài. Ngoài các đặc điểm cơ bản, một số khuẩn lạc có thể được xác định bằng dạng không đều, dạng sợi hoặc dạng hình thoi.
Việc lật úp đĩa nuôi cấy cho phép người quan sát lưu ý xem độ cao hoặc mặt cắt của khuẩn lạc, là nâng lên, lồi, phẳng, umbonate hay crateriform. Một yếu tố nhận dạng bổ sung là độ mờ; khuẩn lạc có thể trong, mờ, đục hoặc óng ánh.
