Protein được tiêu hóa trong dạ dày với sự hỗ trợ của dịch tiết từ tuyến tụy và túi mật. Protein không được tiêu hóa hoàn toàn trong dạ dày sẽ được tiêu hóa ở ruột non.
Protein khó tiêu hóa hơn carbohydrate, do đó liên quan đến nhiều cơ quan tiêu hóa. Enzyme pepsin cần thiết cho quá trình tiêu hóa protein trong dạ dày và được tạo ra khi pepsinogen protein tiếp xúc với axit clohydric. Pepsin phá vỡ các protein ăn vào thành các axit amin để sử dụng trong cơ thể. Tuyến tụy, kết hợp với dạ dày, sử dụng các enzym trypsin và carboxypeptidase để tiếp tục phân hủy các protein ăn vào trong tá tràng. Mọi protein còn lại sau đó sẽ được tiêu hóa hoàn toàn trong ruột non.
