Môi trường sống bị chia cắt xảy ra khi môi trường sống bị thay đổi hoặc rời rạc. Kết quả là, có sự ngăn cách về không gian trong môi trường sống làm phân bố lại các loài và sinh vật trong môi trường sống.
Sự phân mảnh môi trường sống có thể xảy ra tự nhiên hoặc do con người. Về mặt tự nhiên, sông băng, hoạt động núi lửa, vận động kiến tạo mảng, mực nước biển dâng và biến đổi khí hậu đều có thể khiến các môi trường sống trở nên phân mảnh và rời rạc. Những lần xuất hiện này có thể làm cho các môi trường sống nhỏ như môi trường sống của vi sinh vật thay đổi đáng kể hoặc có thể ảnh hưởng đến một môi trường sống lớn hơn như một vùng đất lớn. Con người cũng gây ra sự chia cắt môi trường sống bằng cách xây dựng các tòa nhà mới, thay đổi cảnh quan và phá bỏ hoặc trồng cây.
