Một tế bào của cùi cà chua có chứa tế bào chất, là chất nhớt có chứa các bào quan của tế bào. Các bào quan này bao gồm lục lạp, ti thể và ribosome. Tế bào được bao bọc bởi một vách tế bào cứng bao bọc màng tế bào. Điều này khác với tế bào động vật không có thành tế bào.
Một điểm khác biệt khác giữa tế bào cà chua và tế bào động vật là nó có một không bào lớn, là một không gian chứa đầy chất lỏng. Không bào giúp tế bào giữ nguyên hình dạng. Tế bào cà chua cũng có lục lạp, nơi tạo ra các phân tử diệp lục. Chất diệp lục sử dụng ánh sáng mặt trời để thực hiện quá trình quang hợp. Vì cà chua là một loại trái cây nên tế bào cũng chứa các amyloplasts, là cơ quan dự trữ tinh bột và chuyển hóa thành đường khi cây trồng thiếu năng lượng.
Tế bào thịt quả cà chua giống như tế bào động vật ở chỗ nó có nhân. Nhân được bao bọc và bảo vệ bởi màng nhân và chứa các bào quan như nucleolus. Nó cũng chứa DNA của cây cà chua và hướng dẫn nhiều chức năng của tế bào. Hạt nhân có RNA của thực vật.
Ti thể là một bào quan hình que có chức năng biến năng lượng có trong glucose, một loại đường đơn, thành adenosine triphosphate mà tế bào có thể dễ dàng sử dụng. Ribosome giúp cây tạo ra protein.
