Mỗi axit amin được tạo ra từ ba mã bộ ba bazơ được gọi là codon. Mã hóa được tạo ra từ ba sự kết hợp của bốn nucleotide có sẵn. Có 64 tổ hợp codon tiềm năng.
Những codon nào được sử dụng xác định loại axit amin được tạo ra. Thứ tự của các codon trong trình tự bộ ba xác định loại protein nào được tạo ra. 61 trong số 64 sự kết hợp tạo ra các axit amin trong protein. Các kết hợp còn lại tạo ra trình tự kết thúc hoặc dừng của chuỗi. Nhiều codon, được gọi là codon đồng nghĩa, có thể mã cho cùng một axit amin. Khi các codon từ đồng nghĩa có mặt trong một chuỗi, chuỗi được cho là thoái hóa.
