Chipotle cho phép khách hàng đặt hàng trực tuyến để nhận hàng. Người dùng đăng nhập hoặc tạo tài khoản và nhấp vào nút Đặt hàng ngay. Chipotle cũng bao gồm biểu mẫu đặt hàng qua fax và tùy chọn đặt hàng trực tuyến theo nhóm và đối với người dùng điện thoại di động, ứng dụng Chipotle có các tùy chọn đặt hàng.
Trang đặt hàng có các tùy chọn món ăn kèm mà người dùng tùy chỉnh bằng cách chọn thịt, loại gạo, đậu và lớp phủ. Các món ăn phụ và đồ uống cũng xuất hiện trên trang. Người dùng chọn thanh toán tại cửa hàng hoặc trực tuyến bằng thẻ tín dụng hoặc thẻ quà tặng. Tại cửa hàng, những khách hàng đã đặt hàng trực tuyến sẽ đến thẳng quầy đăng ký nhận hàng.