Các yếu tố sinh học của sông bao gồm côn trùng, cá, sinh vật sống gần sinh và động vật không xương sống đáy được phân loại thành các nhóm cho ăn chức năng như máy băm nhỏ và máy xay thịt. Các sinh vật sống này tạo nên một số yếu tố sinh học quan trọng nhất trong bất kỳ hệ sinh thái sông nào , theo Nature Education.
Hệ sinh thái sông cung cấp một môi trường năng động cho sự đa dạng sinh vật. Các nhà sinh thái học thủy sinh có xu hướng tập trung vào các động vật không xương sống sống ở đáy trong các nghiên cứu của họ về hệ sinh thái sông do sự phong phú và phức tạp của chúng. Bốn nhóm chức năng kiếm ăn của động vật không xương sống đáy bao gồm máy cắt nhỏ, mỗi nhóm rời ra; người thu gom, tiêu thụ chất hữu cơ dạng hạt mịn; máy vặt lông, ăn sinh vật sống; và động vật ăn thịt. Môi trường sống tự nhiên của sông quyết định loại sinh vật nào trong số bốn loại sinh vật này rõ rệt nhất. Ví dụ, các dòng suối nhỏ ở vùng ôn đới cung cấp điều kiện lý tưởng cho các máy hủy và thu gom phát triển mạnh, trong khi các tán cây mở ra ở các dòng lớn hơn giúp người ăn cỏ tiếp cận tốt hơn với nguồn thức ăn chính của chúng, sinh vật sống.
Cá cũng là những người đóng góp quan trọng cho hệ sinh thái sông, đặc biệt là cá đồng loại sống phần lớn cuộc đời của chúng trong môi trường biển và đi ngược dòng để sinh sản. Những con cá này mang lại chất dinh dưỡng biển cho môi trường, mà ít nhất một thí nghiệm đã liên quan đến việc gia tăng sự phong phú của côn trùng trong hệ sinh thái sông, như Nature Education đã nêu.
