Hệ sinh thái nước ngọt bao gồm ao, hồ, suối, sông và đất ngập nước. Nước ngọt có nghĩa là khối nước có nồng độ muối dưới 1 phần trăm. Đời sống động thực vật của hệ sinh thái nước ngọt không tồn tại được trong môi trường nước mặn.
Các ao và hồ có diện tích từ vài thước vuông đến hàng nghìn dặm vuông. Chúng xuất hiện trên toàn cầu nhưng tập trung nhiều ở các khu vực Bắc bán cầu bị ảnh hưởng bởi các sông băng Kỷ Băng hà. Mặt trời làm nóng lớp gần bờ hồ, vùng ven hồ. Các loài ở đó bao gồm tảo và thực vật khác, ốc sên, ấu trùng côn trùng, động vật giáp xác và cá. Các loài chim nước, rắn và rùa ở vùng ven biển ăn chúng. Lớp trên cùng cách xa bờ biển, vùng lim từ, là nơi sinh sống của các loài sinh vật phù du và cá. Vùng sâu, phần sâu nhất, lạnh hơn và là nơi sinh sống của các sinh vật dị dưỡng, những sinh vật ăn xác chết.
Các sông và suối có đầu nguồn tại các suối và hồ hoặc trong băng tuyết. Tại cửa, sông đổ vào một vùng nước khác, đôi khi là sông khác hoặc biển hoặc đại dương. Nước ở đầu nguồn sạch hơn, có nhiều oxy hơn và có nhiều sinh vật nước ngọt hơn như cá hồi và sinh vật dị dưỡng. Ở miệng nơi nước thường bị đục do trầm tích, có thể có ít ôxy hơn, và có ít dạng sống đa dạng và các loại sinh vật khác nhau, chẳng hạn như cá chép và cá da trơn. Các sinh vật cũng khác nhau từ gần bờ đến giữa sông.
Đất ngập nước là các vùng nước đọng bao gồm đầm lầy, đầm lầy và đầm lầy. Các loài thực vật ở đây được gọi là ưa nước, thích nghi với độ ẩm và ẩm ướt. Các loài chim, bò sát, động vật lưỡng cư và động vật có lông vũ làm tổ ở các vùng đầm lầy. Một số vùng đất ngập nước là đầm lầy mặn và không được coi là hệ sinh thái nước ngọt.
