Berili clorua là một phân tử không phân cực. Hình dạng của BeCl2 là tuyến tính, với berili trung tâm được liên kết ở hai bên với một nguyên tử clo. Do đó, độ hút điện của các nguyên tử clo bị hủy bỏ, để lại một phân tử không phân cực.
Berili clorua là một ví dụ về phân tử thiếu điện tử vì nguyên tử berili chỉ chia sẻ tổng cộng bốn điện tử, trong khi các nguyên tử trong hầu hết các phân tử cộng hóa trị có tám điện tử. Thông thường, các nguyên tử như berili nằm ở nhóm thứ nhất hoặc thứ hai trong bảng tuần hoàn hình thành liên kết ion, cho phép chúng đạt đến cấu hình khí cao mà không cần chia sẻ electron. Tuy nhiên, berili có độ âm điện lớn hơn đáng kể so với hầu hết các nguyên tử trong các nhóm này, đó là lý do tại sao nó hình thành liên kết cộng hóa trị.
