Vi khuẩn, còn được gọi đơn giản là "vi khuẩn", có thể được tìm thấy ở mọi môi trường sống trên Trái đất. Những sinh vật này rất đa dạng và rất dễ thích nghi, gây ra nhiều bệnh tật cho con người nhưng cũng thực hiện nhiều quá trình hữu ích.
Một cách có thể xác định vi khuẩn eubacteria là sử dụng oxy của chúng. Những loài sử dụng oxy hoặc phát triển mạnh trong môi trường giàu oxy được gọi là hiếu khí trong khi những môi trường không được gọi là kỵ khí. Một số vi khuẩn có khả năng tạo ra nội bào tử, cho phép chúng tồn tại trong những điều kiện rất khắc nghiệt. Do đó, vi khuẩn có thể được tìm thấy ngay cả trong môi trường đông lạnh, nóng, phóng xạ hoặc khắc nghiệt về mặt hóa học.