Các ví dụ về vi khuẩn khảo cổ bao gồm loài ưa nhiệt, vi khuẩn methanogens và loài ưa nhiệt. Arcahebacteria là những sinh vật đơn bào thuộc miền Archaea. Một đặc điểm chung của chúng là khả năng sinh trưởng trong điều kiện môi trường khắc nghiệt đã tồn tại cách đây vài tỷ năm.
Các cây ưa mùi được tìm thấy trong điều kiện có hàm lượng muối cao. Điều này bao gồm hồ và nước biển. Các methanogens tạo ra mêtan và được tìm thấy trong ruột của động vật nhai lại và trong các bãi lầy và các nhà máy xử lý nước thải. Chất ưa nhiệt được tìm thấy trong môi trường có nhiệt độ cao, chẳng hạn như trong lò xo và gần các miệng phun thủy nhiệt. Vi khuẩn cổ tương tự như vi khuẩn eubacteria ở điểm chúng không có nhân.
