Một ví dụ về hóa thạch là gỗ cổ đại đã bị thay thế toàn bộ mô bằng thạch anh trong một thời gian dài. Hóa đá xảy ra khi một sinh vật chết được bảo vệ khỏi thối rữa như khoáng chất đó- nước giàu có thể thấm vào nó.
Quá trình hóa đá hoạt động bằng cách các khoáng chất lắng đọng trong mô của sinh vật khi mô bị rửa trôi từ từ. Các khoáng chất kết tinh thành hình dạng giống như mô mà chúng thay thế. Điều này dẫn đến các hóa thạch có thể rất chi tiết, bảo tồn các cấu trúc ở cấp độ vi mô. Hầu hết các hóa thạch hóa đá không quá hoàn chỉnh, nhưng kết cấu của vỏ cây và các cấu trúc nhỏ khác thường được bảo tồn.