Người Seneca có một số tín ngưỡng và thực hành tôn giáo truyền thống. Có niềm tin vào "Người giữ Trái đất" và các yếu tố và lực lượng tự nhiên khác. Trong lịch sử, người dân tổ chức lễ hội để tôn vinh dâu tây và cây phong. Họ cũng tổ chức một lễ kỷ niệm vào mùa đông để tạ ơn và thực hành sự tha thứ. Mọi người tin rằng bệnh tật là kết quả của ảnh hưởng tâm linh và các pháp sư đã sử dụng tới 200 loại thảo mộc để điều trị và chữa lành những người bệnh.
Trong thời hiện đại, nhiều người Seneca theo Tôn giáo Longhouse, Công giáo và các giáo phái Cơ đốc khác. Tôn giáo Longhouse bắt đầu như một phong trào tôn giáo được gọi là "Mã hồ đẹp trai." Handsome Lake là tên của một nhà tiên tri người Seneca, người bắt đầu tôn giáo vào năm 1799. Tôn giáo này kết hợp một số tín ngưỡng truyền thống của người Iroquois với các yếu tố của chủ nghĩa Quakerism và Cơ đốc giáo.
Những người thuyết giảng trong tôn giáo kể lại sự mặc khải của Hồ Đẹp trai hai lần mỗi năm. Việc đọc tụng đầy đủ mất ba buổi sáng. Điều này xảy ra trước khi mặt trời mọc. Nhà thuyết giáo đứng bên lò sưởi và hát Bài ca Mặt trời cho thời tiết tốt. Trong khi tụng niệm, các hội chúng ngồi trên ghế dài và phụ nữ che đầu bằng khăn choàng.
Bầu không khí giống như một buổi họp phục hưng Cơ đốc giáo. Bầu không khí xúc động trở nên dễ lây lan và thúc đẩy mọi người công khai tuyên bố trung thành với tôn giáo.
