Các thuộc địa phía nam có nhiều tôn giáo khác nhau, nhưng chủ yếu là theo Anh giáo hoặc Baptist. Các thuộc địa ở giữa cũng có nhiều tôn giáo khác nhau, bao gồm Công giáo, Do Thái và Quakers.
Các luật ban đầu của các thuộc địa buộc mọi người phải tham dự một loại hình nhà thờ và cũng phải trả các khoản thuế giúp trả cho các nhà thờ. Sau đó, những người thực dân quyết định trở nên khoan dung hơn về mặt tôn giáo và tách nhà thờ ra khỏi nhà nước. Điều thú vị là đối với tất cả tầm quan trọng của nó, sự tách biệt giữa nhà thờ và nhà nước không được viết rõ ràng trong bất kỳ luật sáng lập nào, kể cả Hiến pháp Hoa Kỳ. Ý tưởng về sự "tách biệt giữa nhà thờ và nhà nước" lần đầu tiên xuất hiện khi những người theo đạo Baptists ở Virginia muốn có được sự khoan dung tôn giáo từ những người Anh giáo sống trong khu vực.
