Vào tháng 3 năm 1991 và tháng 4 năm 1991, magma dâng cao 20 dặm dưới bề mặt của núi lửa Pinatubo gây ra nhiều trận động đất và vụ nổ nhỏ, phá hủy các bộ phận của núi lửa. Sau đó, vào ngày 12 tháng 6 năm 1991, magma đầy khí đến bề mặt, và núi lửa phun trào.
Trước khi phun trào vào năm 1991, Núi lửa đã hầu như không hoạt động trong 500 năm. Vào ngày 16 tháng 7 năm 1990, có một trận động đất mạnh 7,8 độ Richter xảy ra cách núi lửa 60 dặm làm xáo trộn lớp vỏ Trái đất bên dưới Pinatubo. Mặc dù trận động đất này gây ra những trận động đất nhỏ hơn và lở đất gần núi lửa, nhưng nó không xuất hiện như thể những sự kiện này đã làm núi lửa kích động đáng kể.
Magma đầu tiên bắt đầu trồi lên bề mặt vào tháng 3 năm 1991 đã mất hầu hết thành phần khí trên đường đi lên. Vì vậy, khi lên đến bề mặt, nó chỉ từ từ chảy ra và rơi xuống sườn núi lửa. Sau vụ nổ ban đầu, có nhiều magma hơn vào ngày 15 tháng 6 năm 1991, gây ra nhiều vụ nổ dữ dội hơn do nó có hàm lượng khí cao hơn nhiều.
Các khí trong magma thường hòa tan khi chúng nằm sâu dưới bề mặt. Tuy nhiên, những khí này, nguyên nhân gây ra vụ phun trào, nở ra khi magma tăng lên do áp suất thấp.
