Mặc dù các giả thuyết khác nhau về nguyên nhân của sự kiện 11/9 rất khác nhau và bao gồm việc các nhà lý thuyết âm mưu phản đối rằng đó là công việc nội bộ của chính phủ Hoa Kỳ, nhưng đa số mọi người tin rằng nó nhằm phản đối sự ủng hộ của Hoa Kỳ đối với Israel cũng như sự hiện diện quân sự ở Trung Đông nói chung. Những kẻ tấn công được cho là những kẻ khủng bố Hồi giáo từ một số quốc gia Trung Đông do Osama bin Laden tài trợ. Mỗi tên trong số 19 tên không tặc đã cùng nhau điều khiển 4 chiếc máy bay thương mại có ý định tấn công liều chết đều có liên quan trực tiếp đến nhóm khủng bố al-Qaida của bin Laden.
Bin Laden tuyên bố thánh chiến chống lại Hoa Kỳ vào năm 1998. Vào thời điểm đó, hắn kêu gọi giết hại thường dân Hoa Kỳ trong một hiệp ước mà hắn đã ký. Một số học giả Trung Đông tin rằng 911 là cách của bin Laden để kích động Hoa Kỳ tham gia một cuộc chiến tranh sẽ kích động người Hồi giáo trên toàn thế giới đoàn kết để chống lại phương Tây.
Những người chỉ trích chính phủ liên bang cho rằng thất bại trong việc ngăn chặn vụ 11/9 là kết quả của việc chính phủ Hoa Kỳ không chia sẻ thông tin giữa các cơ quan tình báo khác nhau của họ, một số cơ quan trong số đó đã có cảnh báo nâng cao về các phần của âm mưu 11/9.
Những người khác đổ lỗi cho an ninh sân bay lỏng lẻo, chỉ ra thực tế là những kẻ khủng bố đã tuồn thành công dao và máy cắt hộp lên máy bay tại ba sân bay ở Bờ Đông.
