Do liên kết với các thành viên của Katipunan, Jose Rizal được coi là một trong những người sáng lập của nó và bị xét xử về tội danh phản động, nổi loạn và âm mưu trước tòa án quân sự. Rizal đã ở Địa Trung Hải khi anh ta bị bắt trên đường và đưa về Manila để xét xử. Anh ta bị kết án là có tội với cả ba tội danh. Ông bị kết án tử hình và bị đày đến Dapitan năm 1893.
Rizal bị chính quyền Tây Ban Nha bắt giữ vì một số lý do, bao gồm thành lập một hội, xuất bản sách và báo truyền bá những ý tưởng nổi loạn và đầy tham vọng cho công chúng, sở hữu một gói giấy tay vi phạm lệnh của Tây Ban Nha, chỉ trích tôn giáo được truyền bá bởi Người Tây Ban Nha và việc truyền bá chủ nghĩa bẩn thỉu ở Philippines.
Mặc dù Rizal đã bị đưa đến Dapitan như một tù nhân, những năm sống ở tỉnh này là một trong những thời kỳ thành công nhất trong sự nghiệp của ông với tư cách là một bác sĩ, nhà nông nghiệp, doanh nhân, kỹ sư, giáo viên, nhà khoa học và nhà ngôn ngữ học. Ông đã sử dụng những ngày còn lại của mình ở Dapitan để cải thiện các kỹ năng văn học và nghệ thuật của mình. Cũng chính tại Dapitan, Rizal đã gặp và kết hôn với Josephine Bracken, con gái của một kỹ sư Hong Kong đã nghỉ hưu. Hai người có một con trai, chết ngay sau khi sinh.