Có thể khó sử dụng kính hiển vi vì độ phóng đại của thấu kính, thường là 4x, 10x và 40x. Khó khăn nằm ở việc cố gắng căn chỉnh mẫu vật ở một vị trí chính xác để ống kính hiển vi có thể chụp được nó và cho phép người dùng xem mẫu vật cận cảnh. Nói chung, độ phóng đại thấp nhất được sử dụng vì nó không được phóng to quá mức để việc căn chỉnh trang chiếu và ống kính dễ dàng hơn.
Sử dụng độ phóng đại thấp nhất có nghĩa là mẫu vật cách thấu kính đủ xa so với các thấu kính có độ phóng đại cao hơn, mang lại phạm vi nhìn thấy rộng nhất. Bằng cách bắt đầu với độ phóng đại thấp nhất, mẫu vật dễ dàng xác định vị trí, căn giữa và lấy nét hơn. Khi mẫu vật được quan sát dưới độ phóng đại này, việc lấy nét vào đối tượng cũng dễ dàng hơn bằng cách sử dụng núm lấy nét nhỏ ở mặt bên của kính hiển vi.
Ngoài ra, bằng cách sử dụng độ phóng đại thấp nhất và do đó thấu kính ngắn hơn, màn hình có thể được nâng cao hơn để đưa mẫu đến gần mảnh mắt hơn. Khi đã nhìn thấy mẫu vật, việc tăng dần độ phóng đại có thể cung cấp các chi tiết rõ ràng hơn và nhìn cận cảnh hơn về mẫu vật. Khi tăng độ phóng đại, mẫu vật phải được làm gần lại và lấy nét lại cẩn thận. Vì trường nhìn ngày càng nhỏ dần theo mỗi lần tăng lên, khó khăn khi sử dụng các thấu kính này là phải "đuổi theo" hoặc định vị lại mẫu vật theo đúng đường ngắm.
