Sự khác biệt giữa tế bào và bào quan là bào quan là một phần của tế bào nhân thực. Trong khi tế bào thường được coi là bộ phận tự chứa nhỏ nhất hoặc đơn vị hoạt động độc lập của sinh vật , bào quan là những cấu trúc nhỏ hơn trong tế bào nhân thực thực hiện các chức năng khác nhau.
Tế bào nhân thực được xác định một phần bởi thực tế là chúng chứa hoặc cấu tạo bởi các bào quan khác nhau được xác định rõ ràng, trong khi tế bào nhân sơ thiếu các bào quan. Các bào quan là những cấu trúc nhỏ trong tế bào thực hiện các chức năng khác nhau góp phần vào sự tồn tại và chức năng của tế bào nói chung.
Các loại bào quan có trong tế bào khác nhau tùy theo loại tế bào. Ví dụ, lục lạp, chịu trách nhiệm cho quá trình quang hợp, có trong tế bào thực vật, nhưng không có trong tế bào động vật. Ngoài lục lạp, một số ví dụ phổ biến khác về các bào quan là nhân tế bào, ribosome, ti thể, không bào và thể Golgi.
Mỗi loại bào quan thực hiện các chức năng hoặc quy trình chuyên biệt. Ví dụ, hạt nhân chứa thông tin di truyền của tế bào dưới dạng nhiễm sắc thể và chịu trách nhiệm phân chia tế bào. Ti thể tạo ra năng lượng mà phần còn lại của tế bào cần để tồn tại và chứa vật liệu di truyền đặc trưng cho chính chúng và duy nhất từ vật liệu di truyền có trong nhân tế bào. Không bào, mặc dù có vẻ ngoài hơi khác nhau trong tế bào thực vật và động vật, nhưng lại tích trữ năng lượng, bất kể chúng thuộc loại tế bào nào.