Sự khác biệt giữa anaphase 1 và anaphase 2 là sự phân ly của các loại nhiễm sắc thể khác nhau. Trong giai đoạn Anaphase 1 của nguyên phân, các nhiễm sắc thể tương đồng (giống nhau) phân ly về hai phía của tế bào và tâm động là toàn bộ. Trong Anaphase 2, các chromatid chị em tách ra, và tâm động bị tách ra, khiến các chromatid tách ra.
Trong giai đoạn tương tự 1, các nhiễm sắc thể tương đồng di chuyển về các cực đối diện và các nhiễm sắc thể chị em vẫn được gắn vào. Có những thay đổi khác: các vi ống kinetochore (thoi) ngắn lại để kéo các nhiễm sắc thể về các cực. Điều này tạo thành hai bộ đơn bội có nghĩa là mỗi bộ có 23 nhiễm sắc thể hoặc tổng số 46 nhiễm sắc thể, con số thường thấy ở người. Mỗi nhiễm sắc thể có hai crômatit di chuyển riêng biệt trong giai đoạn anaphase 2.
Trong giai đoạn anaphase 2, các tâm động bị phân cắt xuống giữa cho phép các vi ống gắn vào các kinetochores kéo các chromatid chị em ra xa nhau. Tâm động là phần trung tâm của các chromatid chị em giữ chúng lại với nhau, thường được biểu thị bằng một chấm hoặc một vòng tròn. Khi điều này bị phá vỡ, hai người tách biệt. Các nhiễm sắc thể chị em bây giờ được gọi là nhiễm sắc thể chị em khi chúng di chuyển về các cực đối lập và không còn ở bên nhau. Vào thời điểm này, tế bào gần như đã sẵn sàng để phân tách hoàn toàn thành các tế bào con, dẫn đến tổng thể là 4 tế bào con vào cuối kỳ meiosis 2.
