Safranin được sử dụng làm thuốc nhuộm cho hàng dệt và làm chất nhuộm màu cho các quy trình khoa học khác nhau. Các quy trình khoa học liên quan đến safranin bao gồm nhuộm Gram, đếm nội bào tử, phát hiện hạt và chỉ định oxy hóa khử.
Safranin là một chất nhuộm màu đỏ, hòa tan trong nước còn được gọi là phenosafranine, màu đỏ cơ bản 2 và Safranin 0. Nó có khả năng nhuộm đỏ tất cả các nhân tế bào. Safranin có sẵn dưới dạng dimethyl hoặc trimethyl safranin, về cơ bản giống nhau về hành vi và ngoại hình.
Safranin thường được sử dụng trong phương pháp nhuộm Gram, giúp phân biệt giữa các nhóm vi khuẩn Gram dương và Gram âm do cấu tạo thành tế bào. Đầu tiên, cả hai nhóm đều được nhuộm bằng thuốc nhuộm tím pha lê hòa tan trong nước và thêm iốt vào dung dịch. Sau đó, rượu etylic hoặc axeton được thêm vào, làm cho vi khuẩn Gram dương giữ lại thuốc nhuộm tím pha lê và vi khuẩn Gram âm loại bỏ thuốc nhuộm tím pha lê. Tiếp theo, safranin được thêm vào như một chất chống vi khuẩn, nhuộm đỏ vi khuẩn Gram âm. Vi khuẩn Gram dương vẫn có màu tím.
Thành tế bào của vi khuẩn Gram dương chứa một lớp peptidoglycan dày, giúp vi khuẩn giữ được màu tím pha lê. Vi khuẩn gram âm giữ lại vết safranin hơn là vết tím do thành tế bào peptidoglycan mỏng hơn của chúng.
