Vì mưa có thể tiếp xúc với các chất gây ô nhiễm trong không khí hoặc trong phương pháp thu gom, nên nó có thể quá "bẩn" để uống. Nước mưa nói chung không thích hợp để sử dụng làm nước uống nếu không được kiểm tra và xử lý.
Ô nhiễm, chẳng hạn như bồ hóng, khói và bụi, có thể kết hợp với nước mưa khi nó rơi qua bầu khí quyển. Trong các khu vực nông nghiệp, dư lượng phân bón trong không khí có thể làm tăng nồng độ nitrat trong nước mưa. Phương pháp thu gom nước mưa có thể rửa sạch nấm mốc, tảo, vi khuẩn và các chất hữu cơ khác cho vào thùng chứa. Có thể khó thu hoạch một lượng nước mưa đáng kể một cách an toàn mà không phải mạo hiểm với ít nhất một số phân chim cuộn lại trong thùng mưa.
Tuy nhiên, có thể thu hoạch nước mưa để uống và bước đầu tiên là kiểm tra nước để đảm bảo rằng nó có thể dễ dàng xử lý. Có hệ thống thu gom nước mưa cung cấp các hướng dẫn và thiết bị để thu gom, lọc và xử lý nước mưa để uống một cách an toàn.
