Nigeria giành được độc lập vào ngày 1 tháng 10 năm 1960 thông qua hiến pháp do chính phủ Anh lập pháp. Hiến pháp mới đã thiết lập hệ thống chính phủ liên bang với Thủ tướng được bầu và một người đứng đầu theo nghi thức.
Với nền độc lập xuất hiện vào năm 1959, một cuộc bầu cử đã được tổ chức để bầu ra một nhà lãnh đạo; tuy nhiên, không có đảng nào giành được đa số. Ủy ban Dân số Quốc gia Nigeria (NPC) kết hợp với Hội đồng Quốc gia Nigeria và người Cameroon (NCNC) để thành lập một chính phủ phù hợp với công dân của mình. Họ bầu Abubakar Tafawa Balewa của NPC làm thủ tướng và Azikiwe của NCNC làm tổng thống đốc. Khi Nigeria trở thành một nước cộng hòa vào năm 1963, Azikiwe được làm tổng thống.
Những năm đầu độc lập của Nigeria đã chứng kiến sự xáo trộn và xung đột lớn giữa các khu vực của Nigeria. Năm 1962, khu vực phía tây có một bộ phận của Nhóm Hành động, một đảng chính trị khác, tách ra dưới quyền S. I. Akintola để thành lập Đảng Dân chủ Quốc gia Nigeria (NNDP). Năm 1963, vùng Edo trung tây được hình thành từ một phần của vùng phía tây. Các cuộc bầu cử năm 1964 diễn ra sôi nổi, và liên minh NPC-NNDP (được gọi là Liên minh Quốc gia) đã giành chiến thắng. Các cuộc đảo chính do các sĩ quan quân đội Hausa năm 1966 chịu trách nhiệm về cái chết của Ironsi. Cuối năm đó, nhiều người Igbo sống ở phía bắc đã bị thảm sát.