Cố gắng ly khai các tỉnh phía đông nam của Nigeria là nguyên nhân của Nội chiến Nigeria. Một tên gọi khác của cuộc xung đột này là Chiến tranh Biafran vì các tỉnh đó tự đặt tên cho mình là Cộng hòa Biafra.
Các lý do ly khai của tỉnh bắt nguồn từ một số yếu tố chính trị, tôn giáo và kinh tế.
Các tỉnh ly khai được cư trú chủ yếu bởi Igbo, một nhóm dân tộc từ lâu đã có các thể chế dân chủ. Điều này tương phản mạnh mẽ với các nền văn hóa của phương bắc và phương tây, những nơi có truyền thống chính trị chuyên quyền hơn.
Các tỉnh phía đông nam cũng chủ yếu theo đạo Thiên chúa, không giống như các tỉnh ở miền bắc và miền tây Nigeria, vốn chủ yếu theo đạo Hồi. Một cuộc tấn công dữ dội của các cuộc đảo chính quân sự, cuộc đảo chính cuối cùng được thực hiện bởi các sĩ quan không có quan hệ Igbo, đã làm trầm trọng thêm tình hình.
Cuối cùng, sự hiện diện của dầu mỏ ở vùng đất Biafran là một nguồn thu nhập quốc dân mạnh mẽ, nếu mất đi, sẽ có hại cho tất cả các vùng còn lại của Nigeria.
Bạo lực sắc tộc tiếp tục gây bất ổn cho đất nước. Trong một nỗ lực để kiểm soát tình hình biến động, Tướng Odumegwu Ojukwu tuyên bố độc lập khỏi Nigeria, kêu gọi thành lập Cộng hòa Biafra vào ngày 30 tháng 5 năm 1967. Nội chiến Nigeria diễn ra từ ngày 6 tháng 7 năm 1967 đến ngày 16 tháng 1, 1970 và cướp đi sinh mạng của hơn một triệu binh lính và dân thường qua các cuộc giao tranh và nạn đói. Biafra cuối cùng đã được tái hấp thu vào Nigeria.
