Có một số nhược điểm đối với phát triển bền vững. Một trong số đó là việc tạo ra hàng hóa và dịch vụ theo cách an toàn với môi trường thường tốn kém hơn so với cách không bền vững và có hại.
Phát triển bền vững có nghĩa là phát triển nền kinh tế theo cách không làm cạn kiệt tài nguyên thiên nhiên. Thật không may, để làm được điều này có thể cực kỳ khó và ở nhiều quốc gia, thực tế là không thể.
Theo EcoVitality, chi phí để vận hành các hoạt động nhằm phát triển bền vững cao hơn nhiều so với chi phí của các phương pháp không thân thiện với môi trường. Ví dụ, đánh bắt bừa bãi có thể lãng phí phần lớn sản lượng đánh bắt được, nhưng về ngắn hạn thì ít tốn kém hơn nhiều so với việc sử dụng các phương pháp đánh bắt có chọn lọc. Không chỉ chi phí cho các hoạt động phát triển bền vững cao hơn, mà chi phí tổ chức, giám sát và quản lý là tất cả các yếu tố có lợi khi nói đến phát triển bền vững.
Một bất lợi khác đối với phát triển bền vững là thực tế là ở các nước đang phát triển, việc thành lập công ty rất khó khăn. Một công ty mới có thể còn non yếu và bất kỳ hạn chế nào mà công ty gặp phải, cho dù đó là giới hạn về nguồn lực, vận chuyển, mất nhân sự hay thậm chí là những biến động của thị trường, đều có thể gây ra sự sụp đổ của công ty.
Đối với một số công ty, vấn đề không phải là phát triển bền vững là không thể, mà là phát triển bền vững ít hơn về mặt tài chính và nó đòi hỏi nhiều công việc hơn, có thể nhiều hơn những gì công ty có thể xử lý để tồn tại.