Nhược điểm của mô hình hướng đối tượng bao gồm sự không quen thuộc và thiếu các lập trình viên có kinh nghiệm, sự đồng thuận hạn chế về các tiêu chuẩn sử dụng, hiệu quả thấp khi xử lý dữ liệu đơn giản và hạn chế về khả năng cung cấp các công cụ và hỗ trợ thích hợp. Hầu hết các nhược điểm của mô hình hướng đối tượng đều xuất phát từ tính mới của nó đối với thị trường.
Mô hình hướng đối tượng là một thực tế gần đây, kể từ năm 2015, khi so sánh với mô hình cơ sở dữ liệu quan hệ phổ biến hơn. Điều này khiến nó có rất ít thời gian để trưởng thành, dẫn đến số lượng lập trình viên có kinh nghiệm và hỗ trợ bị hạn chế. Mô hình hướng đối tượng tập trung vào việc lưu trữ các cấu trúc dữ liệu phức tạp được gọi là các đối tượng. Điều này làm cho nó kém hiệu quả hơn khi được sử dụng trên các bản ghi dữ liệu đơn giản với các mối quan hệ đơn giản.
Một nhược điểm khác của mô hình này là khó thực hiện thuần túy. Điều này đúng bởi vì các mô hình hướng đối tượng sử dụng các kiểu dữ liệu phức tạp không giống như các mô hình quan hệ, liên quan đến các cấu trúc đơn giản như bảng và các chỉ mục liên quan. Cơ sở dữ liệu quan hệ là sản phẩm của lý thuyết tập hợp toán học, nhưng các mô hình hướng đối tượng không có cơ sở toán học vững chắc.
Tính đến năm 2015, các lập trình viên đang nghiêng về các mô hình quan hệ đối tượng, là mô hình lai của hai mô hình này. Các ORM này ngày càng phổ biến kể từ năm 2015 vì chúng được hỗ trợ bởi các công cụ cơ sở dữ liệu đã được thử nghiệm và thử nghiệm, đồng thời chúng cũng mang lại cơ hội để lập bản đồ các đối tượng.
