Nhược điểm của việc ăn thực phẩm hữu cơ bao gồm chi phí cao hơn và tính sẵn có thấp hơn so với các sản phẩm thông thường. Nông dân sản xuất các sản phẩm hữu cơ không sử dụng một số loại phân bón và thuốc trừ sâu để khuyến khích cây trồng phát triển và ngăn chặn sự lây lan của cỏ dại. Mặc dù việc làm này mang lại lợi ích về môi trường, nhưng nó cũng làm giảm sản lượng và ảnh hưởng đến giá tiêu dùng.
Nông dân sản xuất hữu cơ phải đối mặt với nguy cơ đe dọa cây trồng cao hơn so với nông dân thông thường. Cây trồng của họ ít phát triển khả năng chống chịu với các yếu tố tự nhiên như hạn hán và bệnh tật. Sức đề kháng thấp hơn gây ra thiệt hại cho cây trồng và giảm sản lượng, điều này khiến giá cả tăng lên. Nông dân hữu cơ cũng sản xuất cây trồng chất lượng thấp hơn mà không có sự hỗ trợ từ các sản phẩm nông nghiệp thông thường. Các sản phẩm hữu cơ thường mất nhiều thời gian hơn để đến các kệ hàng so với các sản phẩm thông thường. Quá trình thu hoạch, vận chuyển và phân phối kéo dài hơn đối với cây trồng hữu cơ. Đổi lại, những cây trồng này có vẻ cũ hơn và kém tươi hơn khi đến tay người tiêu dùng.
Thiếu sự sẵn có có thể dự đoán trước cũng làm giảm sức hấp dẫn của cây trồng hữu cơ. Người tiêu dùng thường tìm thấy các sản phẩm nông nghiệp truyền thống trong các cửa hàng quanh năm. Tuy nhiên, các sản phẩm hữu cơ đến vào các mùa cụ thể. Nông dân hữu cơ trồng cây hữu cơ để tiêu thụ ở dạng thô và để sản xuất các mặt hàng tạp hóa khác. Các nhà sản xuất thực phẩm sử dụng nhãn thể hiện sự tuân thủ các yêu cầu hữu cơ của liên bang, như Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ (USDA) đã nêu. Nhãn cho biết lượng chất hữu cơ trong sản phẩm. Các mặt hàng mang nhãn hữu cơ 100% có nguồn gốc từ tất cả các thành phần hữu cơ. Tất cả các mặt hàng có nhãn ghi "hữu cơ" phải chứa ít nhất 95% thành phần hữu cơ.
