Sự kết thúc của nền văn minh Inca và quyền cai trị cuối cùng của nó đến với việc người Tây Ban Nha chiếm được thành trì của quân Inca nổi loạn tại Vilcabamba và hành quyết người cai trị cuối cùng của Inca, Tupac Amaru, vào năm 1572. Cuộc chinh phục của Đế chế Inca bằng Người Tây Ban Nha bắt đầu trước đó 40 năm với việc hành quyết hoàng đế có chủ quyền của Inca, Atahualpa, bởi người chinh phục Francisco Pizarro vào năm 1532. Người Tây Ban Nha tiếp theo thiết lập một chính phủ Inca bù nhìn để giúp họ kiểm soát lãnh thổ mới giành được của họ, nhưng một cuộc nổi loạn bắt đầu vào năm 1536 và tiếp tục cho đến năm 1572, việc đánh chiếm và cướp phá Vilcabamba bởi Phó vương Tây Ban Nha của Peru, Francisco Toledo.
Cuộc chinh phục của người Tây Ban Nha đối với Đế chế Inca đã mang lại kết quả lâu dài thảm khốc cho người dân bản địa trong khu vực. Dân số bản địa ở những khu vực trước đây là một phần của Đế chế Inca bị giảm theo truyền thống, ước tính khoảng 50%. Chế độ thuộc địa kéo theo sự bóc lột, lao động cưỡng bức, mất văn hóa và buộc phải di dời.
Hầu hết các ca tử vong của người bản địa xảy ra do các bệnh truyền nhiễm ở châu Âu mà những kẻ chinh phục và thực dân Tây Ban Nha đã vô tình mang theo. Thiếu khả năng miễn dịch có được đối với các bệnh châu Âu, chẳng hạn như bệnh sởi và đậu mùa, người dân bản địa đã phải chịu đựng nhiều ca tử vong do những căn bệnh mới xuất hiện hơn là do các cuộc xung đột vũ trang sau khi quân chinh phạt đến. Một nghiên cứu năm 1981 cho rằng vào năm 1591, các đợt dịch tập thể có thể đã làm giảm dân số bản địa ở vùng Andes tới 93% kể từ lần đầu tiên tiếp xúc với người châu Âu.
