Năm cấp độ tổ chức sinh thái là loài, quần thể, quần xã, hệ sinh thái và sinh quyển. Các hệ sinh thái có thể được nghiên cứu ở cấp độ địa phương nhỏ hoặc ở cấp độ vĩ mô. Tương tự, các loài, quần thể và quần xã cũng có thể được kiểm tra riêng lẻ hoặc theo nhóm lớn hơn.
Nhánh nhỏ nhất của sinh thái là loài. Nhóm này bao gồm thực vật, động vật và các sinh vật sống khác có liên quan đến sinh học và thường có sự giống nhau về mặt vật lý ở một mức độ nào đó. Các loài bao gồm động vật và thực vật sống trên khắp thế giới và tồn tại trong nước và trên cạn. Khỉ, vượn và kiến là những ví dụ về các loài, cũng như rong biển, dương xỉ và nhím biển. Ở cấp độ này, các cá thể không được coi là cùng loài nếu các thành viên không thể sinh ra giống con cái mà có thể đến lượt chúng sinh sản để tạo ra cùng một loài. Các loài được phân loại theo cấu trúc phân loại; chúng được xác định một cách khoa học bằng hai tên, và tên loài tạo thành từ thứ hai.
Quần thể là cấp độ thứ hai của hệ thống phân cấp sinh thái. Các cấu trúc này là các nhóm sinh vật thuộc cùng một loài và sống và tương tác với các thành viên khác loài. Các cộng đồng đề cập đến vị trí hơn là loại sinh vật. Cộng đồng bao gồm các nhóm (quần thể) sinh vật khác nhau cùng sinh sống tại một địa điểm. Chẳng hạn, rừng chứa một cộng đồng bao gồm các loài chim, thực vật, vi khuẩn và cây cối.
Hệ sinh thái là cấp độ phân loại cao nhất tiếp theo. Hệ sinh thái bao gồm tất cả các sinh vật sống trong một khu vực và các yếu tố không sống của những nơi đó nữa. Cuối cùng, bầu sinh học là một phần của hành tinh chứa các sinh vật sống. Phần lớn thế giới được coi là sinh quyển, bao gồm đại dương và khí quyển.
