Một mục đích mà các bào quan có màng phục vụ là cho phép cô lập và tập trung các enzym và chất phản ứng trong một không gian nhỏ. Điều này cho phép các phản ứng hóa học trong tế bào diễn ra nhanh hơn và hiệu quả hơn. Các bào quan liên kết với màng cũng có thể giam giữ các protein và phân tử có hại khỏi phần còn lại của tế bào.
Lysosome là một ví dụ về bào quan có màng bao bọc giúp bảo vệ tế bào khỏi các protein và phân tử có hại thông qua việc giam giữ. Bào quan là nơi chứa nhiều enzym tham gia vào quá trình tiêu hóa lipid, protein và axit nucleic. Mặc dù các enzym này phục vụ một chức năng quan trọng trong lysosome, nhưng chúng có thể phá hủy lipid, protein và axit nucleic nếu được giải phóng vào chất lỏng nội bào, được gọi là cytosol, khiến tế bào chết. Sự hiện diện của màng bao quanh lysosome ngăn cản điều này xảy ra bằng cách giữ các enzym bên trong bào quan.
Một số ví dụ khác về các bào quan có màng bao gồm ti thể, bộ máy Golgi và lưới nội chất. Mỗi ty thể có hai màng, với màng bên trong gấp lại thành các mấu. Các cristae này đóng vai trò là nơi tạo ra adenosine triphosphate, hay ATP. Bộ máy Golgi chịu trách nhiệm xử lý các protein được tạo ra trong lưới nội chất. Lưới nội chất là khu vực của tế bào nơi tạo ra lipid, hầu hết các màng tế bào, protein tiết ra và protein xuyên màng.
