Một số ví dụ về vi khuẩn hiếu khí bao gồm Mycobacterium tuberculosis, gây bệnh lao, vi khuẩn thuộc giống Nocardia, gây bệnh nocardiosis và Psuedomonas aeruginosa, gây viêm phổi, nhiễm trùng đường tiết niệu và các vấn đề về đường tiêu hóa. Toàn thân hiếu khí vi khuẩn có cơ chế trao đổi chất dựa trên oxy và không thể tồn tại nếu không có oxy.
Vi khuẩn kỵ khí không cần oxy. Có thể thấy sự khác biệt giữa vi khuẩn kỵ khí và hiếu khí khi chúng được đặt trong môi trường nuôi cấy. Các vi khuẩn hiếu khí tập trung ở bề mặt của môi trường lỏng để tiếp xúc với lượng oxy tối đa. Một số vi khuẩn có thể sử dụng, nhưng không cần, oxy; các loại khác hoàn toàn không thể tồn tại trong điều kiện oxy tự do.
