Hai lợi ích chính của việc sử dụng GMO, hoặc sinh vật biến đổi gen, là tăng năng suất cây trồng và khả năng chống lại sâu bệnh. Việc chỉnh sửa gen không phải lúc nào cũng liên quan đến việc sử dụng hóa chất và đôi khi có thể thực hiện được thông qua ghép, nhân giống chọn lọc và lai tạo.
Sinh vật biến đổi gen có thể có tác động tích cực cho cả người sản xuất và người tiêu dùng. Từ quan điểm kinh tế, GMO có thể tăng năng suất cây trồng, giúp người nông dân làm việc hiệu quả hơn. Những sự gia tăng năng suất này có thể là kết quả của một loạt các ưu điểm di truyền được lai tạo vào cây trồng. Ví dụ, nhiều loại rau diếp có khả năng chống chịu lạnh và sương giá cao có thể giúp người nông dân thu hoạch được nhiều hơn sau khi sương giá sớm làm hư hại một phần lớn thửa ruộng.
Một ví dụ nổi tiếng về việc biến đổi gen tỏ ra có lợi cho người tiêu dùng và nhà sản xuất là việc sử dụng gốc ghép của Mỹ trong các vườn nho vào cuối thế kỷ XIX. Sau khi vận chuyển gốc ghép đến Châu Âu từ Châu Mỹ, một sự bùng phát của một loại rệp rất hung hãn có tên là Phylloxera đã tàn phá các vườn nho ở Châu Âu. Sau khi nhận thấy rằng các vườn nho của Mỹ gần như không dễ bị côn trùng tấn công, các nhà sản xuất rượu vang bắt đầu ghép những cây nho của họ vào rễ của Tân Thế giới. Kết quả là thị trường châu Âu đã có thể phục hồi gần như hoàn toàn sau đợt bùng phát.
Tuy nhiên, việc thiếu dữ liệu khoa học rõ ràng liên quan đến tính an toàn của các gen được sử dụng để tạo ra GMO cho thấy sự không chắc chắn liên quan đến các mối quan tâm về an toàn. Một bất lợi tiềm năng khác là các loại cây trồng được biến đổi để chịu được liều lượng thuốc trừ sâu cao hơn sẽ luôn có nguy cơ tồn đọng nhiều hóa chất hơn trong thực phẩm khi đến tay người tiêu dùng. Do đó, không chỉ các gen được sử dụng để biến đổi sinh vật có thể gây hại theo ý riêng của chúng, mà các hóa chất được thêm vào trong quá trình sản xuất cũng có thể gây ra rủi ro.
