Nhược điểm của Kefir bao gồm hàm lượng chất béo bão hòa, mật độ calo tương đối cao và nồng độ đường nặng. Kefir cũng tương tác kém với một số loại thuốc. Các vi khuẩn, nấm men và probiotics được tìm thấy trong kefir cũng có thể gây ra các vấn đề về tiêu hóa, chẳng hạn như táo bón, đau thắt ruột và đau dạ dày.
Do vi khuẩn được tạo ra trong quá trình lên men, kefir có thể gây bệnh và nhiễm trùng ở những người có hệ thống miễn dịch bị suy giảm. Nó cũng làm trầm trọng thêm các triệu chứng rối loạn đường ruột, như Bệnh Crohn và Hội chứng ruột kích thích.
Các tác dụng phụ tiềm ẩn là một nhược điểm khác của kefir. Các vi khuẩn và probiotics được tìm thấy trong kefir thường gây ra một số tác dụng phụ khó chịu, đặc biệt là khi người dùng mới bắt đầu uống kefir. Các tác dụng phụ tiêu cực bao gồm buồn nôn, đau bụng, đau đầu, tiêu chảy, khó chịu ở dạ dày, đầy hơi và đầy hơi. Một số người báo cáo các vấn đề về da như mụn trứng cá hoặc nhọt.
Kefir cũng gây tăng huyết áp nguy hiểm ở những người dùng thuốc chống trầm cảm. Nó can thiệp vào hầu hết các loại thuốc ức chế miễn dịch, bao gồm basiliximab, azathioprine, tacrolimus và prednisone. Nghiên cứu cho thấy kefir có thể gây ra chứng đau nửa đầu ở một số bệnh nhân.
Ngoài ra, không có bằng chứng cụ thể nào cho thấy kefir là một lựa chọn điều trị phù hợp cho bất kỳ tình trạng bệnh lý nào. Bất chấp nhiều tuyên bố, không có bằng chứng nào cho thấy kefir cải thiện lượng cholesterol cao, điều trị tiêu chảy do kháng sinh, chữa chứng không dung nạp lactose hoặc giảm đau miệng.