Các đặc điểm tự nhiên của New York bao gồm núi, hồ, sông và vùng đất trũng ven biển. Sự thay đổi rộng rãi của các đối tượng địa lý cung cấp nhiều môi trường sống cho các loài động thực vật bản địa.
Núi Marcy là điểm cao nhất ở New York với độ cao 5.344 feet. Dãy núi Adirondack nằm ở phần phía bắc của tiểu bang và khu vực xung quanh tạo nên công viên quốc gia lớn nhất ở vùng tiếp giáp Hoa Kỳ. Phần thấp nhất của tiểu bang bao gồm những nơi mà New York gặp Đại Tây Dương ở phía đông nam.
Các con sông chính của New York bao gồm sông Hudson, sông Mohawk và sông Genesee. Hồ Ontario, Hồ Erie, Hồ Champlain và Hồ George tạo nên một loạt các hồ của bang.