Hệ tiêu hóa duy trì cân bằng nội môi bằng cách tạo ra sự cân bằng pH thích hợp trong môi trường dạ dày. Ngoài ra, bằng cách duy trì tỷ lệ enzym chính xác, hệ tiêu hóa nuôi dưỡng vi khuẩn có lợi ức chế bệnh tật và sản xuất các chất sinh học. nhu cầu cơ thể chẳng hạn như vitamin K.
Cân bằng nội môi là sự cân bằng mà cơ thể duy trì để tiếp tục hoạt động bình thường. Tất cả các hệ thống cơ thể, bao gồm cả hệ tiêu hóa, góp phần vào việc cân bằng nội môi. Cơ thể duy trì cân bằng nội môi bằng cách sử dụng cả hai cơ chế tích cực và tiêu cực. Phản hồi tiêu cực xảy ra khi cơ thể cảm nhận được sự mất cân bằng, và các hệ thống khác nhau hoạt động để đối trọng và khôi phục trạng thái cân bằng thích hợp. Phản hồi tích cực xảy ra khi cơ thể cảm nhận được sự thay đổi và cố gắng cải thiện nó.
Sự cân bằng độ pH của cơ thể, tỷ lệ giữa axit và kiềm, là một phần quan trọng của cân bằng nội môi tổng thể. Trong miệng, nước bọt chỉ có tính axit nhẹ. Tuy nhiên, hệ tiêu hóa cần và duy trì một môi trường có tính axit cao để nhanh chóng phân hủy thức ăn. Cùng với việc điều chỉnh cân bằng độ pH, hệ tiêu hóa duy trì hệ vi sinh vật như acidophilus và bifidobacterium giúp phá vỡ các chất gây ung thư gây ung thư và các bệnh nhiễm trùng khác. Sau khi phân hủy thức ăn thông qua một hệ thống phức tạp giống như băng tải, hệ tiêu hóa sẽ chuyển các chất dinh dưỡng cần thiết đến hệ tuần hoàn để cơ thể hấp thụ.