Theo Unite for Sight, các nhà khoa học tổ chức dữ liệu nghiên cứu thông qua quá trình mã hóa và đặt tên. Các nhà nghiên cứu thường sử dụng phần mềm thống kê hoặc chương trình cơ sở dữ liệu để lưu trữ dữ liệu và tạo tệp. Các nhà khoa học phải sắp xếp dữ liệu trước khi bắt đầu phân tích dữ liệu.
Các nhà khoa học lấy dữ liệu thô từ một thí nghiệm, quan sát hoặc phương pháp nghiên cứu khác và gán mỗi phần thông tin dưới dạng một biến. Theo Đại học California tại Riverside, cách một nhà khoa học mã hóa một biến phụ thuộc vào loại biến. Một biến nhị phân nhận mã 0 hoặc một, trong khi các biến liên tục nhận một số mã tùy theo khả năng của các tùy chọn trong nghiên cứu. Loại biến thông báo kiểm tra thống kê mà nhà khoa học sử dụng. Thậm chí một số nghiên cứu định tính sử dụng mã hóa để tổ chức dữ liệu thành các danh mục. Trong phần mềm thống kê, mỗi biến nhận được một tên duy nhất để giúp các nhà khoa học dễ dàng chạy các thử nghiệm thống kê hoặc tìm dữ liệu cho một phản hồi cụ thể.
Theo Quản lý dữ liệu nghiên cứu của Đại học Boston, dữ liệu từ mỗi nghiên cứu cần có tên tệp để tổ chức thêm. Các nhà khoa học nhập dữ liệu và bắt đầu tổ chức trong một chương trình máy tính ngay sau khi các nhà khoa học nắm bắt được phần dữ liệu đầu tiên. Việc phát triển một bảng mã tiêu chuẩn giúp cải thiện tính nhất quán của tổ chức dữ liệu.
