Ưu điểm của phần mềm thương mại bao gồm cung cấp doanh thu, có sẵn các tính năng đầy đủ, dễ triển khai, rẻ hơn và đáng tin cậy trong khi nhược điểm là chúng yêu cầu thanh toán phí hàng năm, có thể không đáp ứng các mục tiêu cụ thể và các yêu cầu của chúng phụ thuộc vào nghiên cứu thị trường. Phần mềm thương mại có thể buộc các nhóm khác nhau liên kết với nhau về yêu cầu định dạng và dữ liệu vì họ tuân theo đầu vào và đầu ra của sản phẩm đã mua.
Phần mềm thương mại rất dễ sử dụng vì chúng có tất cả các tính năng chương trình cần thiết. Sử dụng phần mềm thương mại có lợi vì không có giới hạn và hạn chế áp đặt cho người dùng. Phần mềm thương mại được thiết kế theo cách cho phép triển khai dễ dàng hơn vào các hệ thống hiện có mà không cần sử dụng tùy chỉnh. Ngoài ra, chúng đáng tin cậy hơn và tiết kiệm chi phí hơn so với các loại phần mềm khác. Hầu hết các yêu cầu sử dụng phần mềm thương mại được xác định bởi nghiên cứu thị trường, từ đó cung cấp các dịch vụ cập nhật. Các doanh nghiệp được hưởng lợi khi sử dụng phần mềm thương mại do độ tin cậy, tính khả dụng và khả năng chi trả của chúng.
Thật bất lợi khi sử dụng phần mềm thương mại vì người ta phải trả tiền trước khi sử dụng chúng. Trong các trường hợp khác, khách hàng phải trả phí hàng năm để giữ và sử dụng phần mềm. Một nhược điểm khác của phần mềm thương mại là không đáp ứng được các mục tiêu cụ thể của từng người dùng, đặc biệt là trong điều kiện các chương trình đa dạng như tích hợp với y tế điện tử. Để có được giải pháp cho vấn đề này, đòi hỏi sự đầu tư của một công ty dịch vụ chuyên nghiệp, điều này được chứng minh là tốn kém về lâu dài.
