Để giữ bí ngô không bị thối rữa, hãy bảo quản chúng ở nhiệt độ rất thấp. Điều kiện lạnh sẽ ức chế sự phát triển của vi khuẩn, động lực dẫn đến thối rữa và phân hủy. Môi trường càng lạnh, bí càng ăn được lâu.
Những quả bí ngô nguyên hạt rất cứng và tươi ngon trong nhiều tuần mà không cần làm lạnh, đặc biệt là ở những vùng khí hậu lạnh giá. Khi nhiệt độ thấp, bí ngô phát triển tốt ở những khu vực không được sưởi ấm như hiên nhà, hầm chứa rễ và nhà kho trong vườn. Trong điều kiện khí hậu nóng hơn, bí ngô được làm lạnh và đông lạnh. Những quả bí ngô nguyên hạt nhỏ nằm gọn trong ngăn tủ lạnh, nhưng những quả bí ngô lớn hơn không vừa với hầu hết các tủ lạnh và tủ đông. Để bảo quản một quả bí ngô lớn, hãy loại bỏ phần đầu và lấy hạt và cùi của nó. Cắt phần còn lại và cho vào túi đông lạnh. Bí ngô đông lạnh là một bổ sung tuyệt vời cho súp, món hầm và nhiều món nướng, bao gồm cả bánh bí ngô.
Điều cực kỳ quan trọng là tất cả bí ngô được bảo quản ngoài trời luôn nguyên vẹn. Vỏ bí ngô dày là chất cách nhiệt tuyệt vời giúp bảo vệ thịt và hạt khỏi nhiệt độ và sâu bệnh. Tuy nhiên, một khi vỏ bị đâm thủng, bí sẽ dễ bị tổn thương hơn nhiều. Bí ngô bị đâm thủng nên được cắt nhỏ ngay lập tức và cho vào tủ lạnh hoặc đông lạnh. Những miếng bí ngô đông lạnh vẫn có thể ăn được trong hơn một năm.