Khỉ đột không có động vật ăn thịt tự nhiên, nhưng kẻ thù của chúng bao gồm mèo hoang dã, cá sấu và con người. Đôi khi chúng đụng phải báo hoa mai chủ yếu là do môi trường sống của động vật ngày càng trở nên nhỏ hơn.
Báo hoa mai là những sinh vật gan dạ khi tìm con mồi, mặc dù chúng thường không thắng được những con khỉ đột mạnh mẽ. Tuy nhiên, đôi khi họ bắt những con khỉ đột ốm yếu, quá yếu để chiến đấu và những con khỉ đột non đã bị tách khỏi mẹ của chúng. Ở những vùng đất thấp như đầm lầy, khỉ đột thỉnh thoảng gặp vấn đề với cá sấu. Cá sấu có thể gây ra những vết thương nặng khiến khỉ đột khó hồi phục. Mặc dù không phổ biến nhưng đôi khi cá sấu có thể hạ gục và giết chết một con khỉ đột yếu ớt.
Con người giết một số lượng lớn khỉ đột để lấy thịt. Một số khỉ đột cũng bị bắt bằng lưới và bẫy mà mọi người chuẩn bị cho các loài động vật khác, và một số người săn khỉ đột lớn để mua vui mặc dù hoạt động này bị coi là bất hợp pháp ở hầu hết các nơi. Những người thợ săn đôi khi tàn sát các nhóm khỉ đột để bắt con non. Họ thường bán những con nhỏ cho các sở thú và phòng nghiên cứu thí nghiệm khỉ đột.
Trong mỗi đội quân khỉ đột, con đực thống lĩnh có trách nhiệm bảo vệ toàn bộ đội quân. Anh ấy tích cực bảo vệ nhóm và đặt tính mạng của mình lên hàng đầu. Những con đực khác cũng chiến đấu khi cần thiết, trong khi những con cái ở gần con non. Khỉ đột tạo vũ khí bằng cách dùng răng mài gậy để tăng cơ hội sống sót.
