Khăn giấy gây ra tương đối ít tác động đến môi trường do phá rừng, vì hầu hết bột gỗ đi vào chúng đến từ các khu rừng thương mại được quản lý tốt, kể từ năm 2015. Tác động chính của chúng là thông qua năng lượng và hóa chất được sử dụng trong quá trình sản xuất và vận chuyển. Họ cũng tạo ra nhiều thùng rác hơn yêu cầu xử lý.
Chi phí môi trường của khăn giấy bắt đầu từ nhiên liệu hóa thạch được sử dụng để cung cấp năng lượng cho máy móc thu hoạch cây và vận chuyển cây đến nhà máy giấy. Sản xuất giấy tiêu tốn nhiều năng lượng và cũng có nguy cơ phát thải độc hại vào các tuyến đường thủy gần đó. Các khăn giấy sau đó yêu cầu vận chuyển đến nơi sử dụng, tiêu tốn nhiều nhiên liệu hóa thạch hơn. Sử dụng vật liệu tái chế làm giảm chi phí năng lượng sản xuất, nhưng bản thân khăn giấy thường đi vào dòng rác chỉ sau một lần sử dụng. Phòng vệ sinh sử dụng khăn giấy thường phải được lau chùi thường xuyên hơn, dẫn đến việc sử dụng nhiều hóa chất tẩy rửa và lót túi rác, những thứ này có chi phí môi trường riêng.
Theo Slate.com, việc sử dụng một tờ khăn giấy để làm khô tay có tác động đến môi trường tương đương với việc sử dụng máy sấy tay kiểu cũ. Tuy nhiên, một dự án nghiên cứu dành cho sinh viên tại Đại học Buffalo đã phát hiện ra rằng việc sử dụng Dyson Airblade, một mẫu xe tốc độ cao, thay cho khăn giấy đã giảm đáng kể chi phí tiêu thụ năng lượng và giảm 42% lượng khí thải carbon.
