Dơi thường bị săn mồi bởi các động vật ăn đêm khác như cú và diều hâu, những loài có thể bay âm thầm mà không bị phát hiện và bắt chúng khi vẫn đang bay. Rắn cũng là một loài săn mồi ngụy trang tốt khác của loài dơi ăn trái cây.
Dơi có thể đặc biệt dễ bị rắn cắn khi chúng ở trong những ngôi nhà dơi có thể lui tới. Rắn là những nhà leo núi điêu luyện với khả năng nằm chờ khi mở hang dơi. Chồn, gấu trúc, chồn hương và thậm chí một số loài chồn hương là những kẻ săn mồi cơ hội cũng coi dơi là một bữa ăn ngon.
Tuy nhiên, con người là mối đe dọa lớn nhất đối với loài dơi. Bẫy, sự xâm phạm của con người và hậu quả là phá hủy môi trường sống đã phải trả giá. Ở một số quốc gia nơi dơi được coi là nguồn thực phẩm khả thi, việc săn bắt gây ra mối đe dọa nghiêm trọng đối với quần thể dơi.
