Hệ thống encomienda là một cấu trúc cai trị phong kiến, trong đó người bản xứ Nam và Trung Mỹ gắn liền với đất do một encomiendero đứng đầu. Người bản xứ phải cung cấp lao động và cống nạp, trong khi encomiendero có nhiệm vụ bảo vệ và giáo dục họ theo các khía cạnh của Cơ đốc giáo. Trên thực tế, người bản xứ đã bị ngược đãi và bắt làm nô lệ.
Khi những người đi chinh phục trao tặng vương miện Tây Ban Nha một vùng đất mới bị chinh phục, họ cũng đưa ra một vấn đề nan giải: làm thế nào để quản lý một lãnh thổ mới rộng lớn mà không cần thiết lập một chính phủ đối thủ. Nhà vua Tây Ban Nha quyết định tạo ra những vùng đất rộng lớn sẽ được trao cho những người chinh phạt, thưởng cho họ đồng thời tạo ra một cơ cấu quản lý phi tập trung có thể chịu trách nhiệm chính trước nhà vua. Thật không may, những người đi chinh phục không phải là những chủ đất tốt bụng mà là những người lính tàn bạo, những người ít quan tâm đến cư dân bản địa.
Lạm dụng phát sinh nhanh chóng. Người bản xứ buộc phải làm việc trên các cánh đồng hoặc mỏ của encomienderos, bất kể kỹ năng hoặc vị trí xã hội trước đây. Những người chạy trốn bị truy lùng, giết hoặc tra tấn. Nếu mùa màng thất bát, người bản xứ phải cống nạp hoặc phải đối mặt với hình phạt nghiêm trọng, có thể dẫn đến tử vong. Điều kiện khai thác rất kinh khủng. Các giám thị Tây Ban Nha không quan tâm có bao nhiêu người bản xứ chết khi lấy được vàng và thủy ngân, miễn là họ lấy được. Ngay cả các linh mục được ban tặng cho các encomiendas cũng trở thành con mồi của sự tham nhũng, thường sống với phụ nữ bản địa và tham gia vào cùng một kiểu tra tấn như những kẻ chinh phục. Sau vài thập kỷ, nhà vua Tây Ban Nha đã thông qua Luật mới, dẫn đến hệ thống đại diện lạm dụng gần như lạm dụng, khiến các vị thần tiên phong phải trực tiếp đội vương miện.
